HACCP方式では、食品が汚染される可能性が高いセクション（重要管理項目）を決定して、管理するプロセスをチェックします。
チェックリストの作成にはふたつの方式があります。ひとつはアメリカの外食産業で実施されているServe Safe Program方式で、メニューのレシピごとに危害分析を行い、重要管理点を記入します。もうひとつは企業などの給食に適し、大量調理施設衛生管理マニュアルにも採用されている方式で、調理方法の領域ごとに重要管理点を洗い出し、マニュアル化します。後者の方式では、サラダやデザートなど加熱せずに提供する調理方法も、加熱が必要な調理も、ともにマニュアル化されています。

加熱調理では　1 = 揚げ物　2 = 焼き物および蒸し物　3 = 煮物および炒め物　に分類され、細かく記載されています。

調理領域別方式については、以下の7つのステップがあります。

1：危害の分析
メニューおよび使用する食材を明確にして、予想される危害を分析するとともに、食材の受け入れから調理の工程ごとに品質に影響を与える重要な管理項目を分析します。全工程を記載したフローチャートやマニュアルは、誤解のない表現を用いて、ビジュアル的にもわかりやすく作成する必要があります。

2：重要管理点の設定
危害の分析に基づいて、食中毒菌の繁殖や汚染を減少させるよう調理工程の重要管理点を設定します。 特に、調理工程での温度と時間管理が重要です。

3：管理基準の設定
調理の加工工程を定めたフローチャートやマニュアルの中で、各工程で何をしなければならないかの基準を決定します。

4：モニタリング方法の設定
フローチャートやマニュアルで定めた通りの手順で進行しているか、重要管理項目をチェックします。
各工程をモニターするだけでなく、調理従事者との密な会話や調理温度測定、食材賞味期限の確認など、具体的、客観的に実施する必要があります。

5：改善措置の設定
管理基準から逸脱することがあれば、直ちに改善措置を講じます。
たとえば食材の中の中心温度が規定温度まで上昇しない場合は、調理時間延長などの対策を取り、実施した改善内容をフローチャートやマニュアルに記載します。

6：検証方法の設定
調理現場でHACCPシステムが正確に機能しているか、工程ごとに基準と照合して検証できる方式を確立します。

7：記録の維持管理
万一のトラブル発生時に原因を明確にできるよう、経過時間や調理温度を毎日記録し、厳重に管理します。